Es el edifico más monumental del casco urbano. Es un edificio que comenzó a construirse en la segundad mitad del siglo XV. Desde sus inicios es una iglesia muy vinculada a la familia Carvajal, hasta el punto que es el panteón de la importante familia nobiliaria.
La iglesia de San Miguel Arcángel comienza a construirse en el siglo XV. El proyecto inicial de Francisco de Carvajal y Trejo, II señor de Torrejón, es la edificación de una capilla de la familia de Carvajal. Las obras comenzaron entre 1475-1480; como prueba de su mecenazgo manda esculpir su escudo, formado por la unión del de los Carvajales y el de los Trejos, en el exterior de la Capilla, así como parte fundamental en la majestuosa bóveda estrellada que cubre la iglesia. El escudo que preside la capilla desde lo más alto es el de Carvajal, mientras los otros escudos menores lo forma también con el de los Trejo. Es una de las características más interesantes de la iglesia, dado que no existen tantos templos en los que exista esta decoración en las claves.
Las obras debieron finalizar a comienzos de la década de 1490, ya que es en esta época cuando Francisco de Carvajal y Trejo, funda la capellanía, otorgándosela a Juan Pérez.
Éste sacerdote se marcha a la “evangelización” del Nuevo Mundo y es Francisco de Carvajal y Valderrábanos, que en 1522 funda una nueva capellanía en un testamento en el que manda también construir un retablo bajo el que debe estar su tumba, cuya ubicación debe ser un arco próximo al altar. Es precisamente Francisco de Carvajal y Valderrábanos, cuyo escudo podemos observar en la puerta principal de la iglesia, quien manda finalizar la iglesia, ampliando el espacio principal de la misma.
La iglesia se transforma en un importante lugar para la familia Carvajal, dado que se celebran importantes acontecimientos familiares, como bodas, pero sobre todo en panteón familiar. La única prueba que tenemos, debido al secular abandono de la iglesia por parte de los condes de Torrejón, que dejaron de ser de la familia Carvajal a mediados del siglo XVII, es el enterramiento de Garci Lope de Carvajal, V señor de Torrejón el Rubio, y su esposa Catalina Manrique de Lara, situado junto al presbiterio.
El templo ha sufrido numerosas obras debido a su mal estado de conservación. Los más graves fueron los que provocaron el desplome de gran parte de la iglesia, lo que provocó en el siglo XIX el cambio de la cubierta por una de madera, realizada de modo altruista por los vecinos. Lo mismo sucede con el retablo, que no dispone de su estructura original ya que fue destrozado por la carcoma.
La planta del templo es de estructura basilical con dos zonas bien diferenciadas. La de la capilla está cerrada por una preciosa bóveda estrellada. Las 4 impostas sobre la que se sostiene son de decoración claramente vegetal. Mientras, las claves, son el escudo del mecenas de la capilla, Francisco de Carvajal y Trejo, sobresaliendo la gran clave central que es el escudo de los Carvajal. Los nervios de la bóveda están totalmente pintados, dado que perdieron su pignoración original. En esta zona se encuentran los dos retablos originales de la iglesia. Al lado izquierdo, está el retablo de la Virgen del Rosario, donde se encuentra la hermosa tumba en alabastro del V señor de Torrejón y su esposa, además de la virgen mencionada, del siglo XVII, San Blas, del Siglo XVIII, y un San José del Siglo XX. El retablo sufrió un incendio que le hizo perder gran parte de su esplendor. El arco apuntado donde se sitúa está culminado con los escudos de los Carvajal y de los Manrique de Lara.
El retablo principal ha perdido su formación original. La carcoma destrozó el original, quedando exclusivamente los cuadros, que han perdido gran parte de su esplendor. Pese a lo sostenido por algunos autores el retablo proviene del S XVI, dado el interés de los señores de Torrejón por transformar esta iglesia en su panteón. Toda la estructura de cemento donde están situados los cuadros proviene de mediados del siglo XX. El sagrario, con su acabado barroco, incluido un expositor, proviene de otra iglesia y fue ubicado en la iglesia a principios del Siglo XX.
La segunda parte del templo está separada de la primera por un arco apuntado u ojival. Está zona es más sencilla. Su techumbre es de madera, bastante más tosca. Todo apunta que fue una solución a la derrumbe del original y que fue realizada a lo largo del siglo XIX. En esta zona se encuentra el coro, que se levanta sobre dos arcos carpaneles y una bóveda de crucería.